Молекулната структура на сапуна може да бъде разделена на две части.

Молекулната структура на сапуна може да бъде разделена на две части. Единият край е зареден полярен COO- (хидрофилен сайт), а другият край е неполярна въглеродна верига (липофилен сайт). Сапунът може да унищожи повърхностното напрежение на водата. Когато молекулите на сапуна навлизат във водата, полярните хидрофилни части ще унищожат привличането между водните молекули и ще намалят повърхностното напрежение на водата, така че водните молекули да се разпределят равномерно в повърхността, която трябва да бъде почистена. Облекло или повърхност на кожата. Липофилната част на сапуна прониква дълбоко в маслени петна, докато хидрофилната част се разтваря във вода. Комбинацията образува по-малки маслени капчици след разбъркване и повърхността е покрита с хидрофилни части от сапун, вместо да се агрегира отново в големи маслени петна. . Този процес (известен още като емулгиране) се повтаря няколко пъти и цялото замърсяване с масло се превръща в много малки маслени капчици, които се разтварят във вода и могат лесно да се изплакнат.

Основните компоненти са натриев стеарат, а молекулната му формула е C17H35COONa (въглерод 17 водород 35 плюс въглерод плюс кислород плюс кислород плюс натрий) (може да се запише и като RCOONa, който се получава от реакцията на натриев хидроксид [NaOH] и алкали синтетично масло). Ако добавите към него подправки и оцветители, той ще направи сапун с цвят и аромат; ако добавите някои лекарства (като борна киселина или карболова киселина) към него, той ще се превърне в лечебен сапун.